Hz.İsa’nın doğumundan 327 sene sonra Bizans İmparatoru Konstantinus’un annesi Helena, hac için Kudüs’e giderken Sille’ye uğramış, buradaki ilk Hıristiyanlık çağlarına ait oyma mabedleri görmüş, Hıristiyanlara Sille’de bir mabed yaptırmaya karar vermiştir. Mihail Arkhankolos adına bu kilisenin temel atma töreninde bulunmuştur. Kilise asırlar boyu onarımlar görerek günümüze kadar gelmiştir.
Kilisenin iç yapısının üstünde Yunan harfleriyle yazılmış Türkçe bir tamir kitabesi kilisenin tarihi hakkında bilgi vermektedir. Bu kitabe 1833 tarihlidir. Aynı kitabenin üzerinde ise kilisenin Sultan Abdulmecit Döneminde dördüncü kez onarım gördüğünü belirten üç satırlık bir kitabe daha bulunmaktadır.
Kilise düzgün kesme Sille taşı ile yapılmıştır. Avlusunda kayalara oyulmuş odalar bulunmaktadır. Kilisenin kuzeye açılan kapısından dış nartekse girilir. Burada kadınlar mahfeline çıkan iki yönlü taş merdivenler yer almaktadır. Kilisenin ana kubbesi dört fil ayağı üzerinde olup, kilise üç neflidir. Kilisenin içerisinde ahşaptan, üzeri alçı süslü bir vaaz kürsüsü ile apsisle ana mekânı ayıran ahşap alçılı kafes bir sanat şaheseridir. Kubbe geçişlerinde ve taşıyıcı ayaklarda Hz. Isa, Hz. Meryem ile havarilere ait resimler bulunmaktadır.
Selçuklu Belediyesi, tarihi Sille yöresinin en eski yapılarından biri olan Aya Elenia Kilisesi’ni restore etmektedir. Selçuklu Belediyesi tarafından yürütülen restorasyon çalışmaları kapsamında dış restorasyon tamamlanmış olup, iç bölümün restorasyonu devam etmektedir.